RNA聚合酶識(shí)別啟動(dòng)子序列的過(guò)程是通過(guò)特定的蛋白質(zhì)- DNA相互作用來(lái)實(shí)現(xiàn)的。在原核生物中，RNA聚合酶本身具有能夠直接識(shí)別啟動(dòng)子區(qū)域的能力，但在真核生物中，這個(gè)過(guò)程更為復(fù)雜，需要一系列轉(zhuǎn)錄因子的幫助。

對(duì)于原核生物來(lái)說(shuō)，RNA聚合酶的核心酶部分與一個(gè)稱為σ因子（sigma factor）的小亞基結(jié)合形成全酶。這個(gè)σ因子負(fù)責(zé)識(shí)別DNA上的特定序列即啟動(dòng)子區(qū)。啟動(dòng)子通常位于基因的上游區(qū)域，大約在-10和-35位置有兩個(gè)保守的六堿基序列，分別被稱為Pribnow盒（或TATA盒，在真核生物中）和-35區(qū)。當(dāng)全酶沿DNA滑動(dòng)時(shí)，σ因子可以與這些特定位點(diǎn)結(jié)合，使得RNA聚合酶能夠準(zhǔn)確地?？吭趩?dòng)子上，并開(kāi)始轉(zhuǎn)錄過(guò)程。

而在真核生物中，啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)更加復(fù)雜，通常包含多個(gè)元件如TATA盒、CAAT盒等。這些元件需要特定的轉(zhuǎn)錄因子來(lái)識(shí)別并結(jié)合。例如，TATA盒由通用轉(zhuǎn)錄因子TFIID中的TBP亞單位特異性地識(shí)別和結(jié)合。隨后其他轉(zhuǎn)錄因子也會(huì)陸續(xù)被招募到啟動(dòng)子區(qū)域形成一個(gè)大的復(fù)合物，最終將RNA聚合酶II引導(dǎo)至正確的起始位點(diǎn)，開(kāi)始基因的轉(zhuǎn)錄。

總之，無(wú)論是原核還是真核生物，RNA聚合酶都是通過(guò)與啟動(dòng)子序列上的特定基序相結(jié)合或借助于其他輔助蛋白（如σ因子和各種轉(zhuǎn)錄因子）的作用來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)啟動(dòng)子的選擇性識(shí)別。