衣原體是一種特殊的細菌，它們介于病毒和細菌之間。衣原體沒有能量代謝酶系統(tǒng)，不能進行獨立的能量代謝，必須在活細胞內才能繁殖，這點類似于病毒。但它們又具有細胞壁，并且其細胞壁中含有的肽聚糖結構與革蘭氏陰性菌相似，可以被抗生素所影響，這又是細菌的特征。因此，衣原體通常被歸類為原核生物中的細菌界，是一種嚴格細胞內寄生的小型微生物。