光棘球海膽含磷脂，包括磷脂酰膽堿（phosphatidylcholine），磷脂酰乙醇胺（phosphatidylethanolamine），磷脂酰絲氨酸（phosphatidylserine），磷脂酸（phosphatidic acid），溶血磷脂酰乙醇胺（lysophosphatidylethanolamine），二磷脂酰甘油（diphosphatidylglycerol）；還含糖脂、糖部分，包括葡萄糖（glucose），半乳糖（galactose），木糖（xylose），鼠李糖（rhamnose），及1-O-乙基-D-葡萄糖（1-O-D-glucose）。此外，還含多羥基萘醌類：6-乙基-2，3，5，7，8-五羥基-1，4-萘醌（6-ethyl-2,3,5,7,8）A。

本品性腺含3種唾液糖脂（sialoglycolipids）的混合物，已分離出2種，分別為N-乙醇酰神經氨基-α-（2→4）-N-乙醇酰神經氨基-α-（2→6）-吡喃葡萄糖基-β-（1→1）-神經酰胺[N-glycolylneu raminyl-α(2→4)-N-glycoloylneuraminyl-α-(2→6)-glucopyramosyl-β（1→1）-ceramide]。還含17種氨基酸，較稱定的有：天冬氨酸（aspartic acid），谷氨酸（glutamic acid），甘氨酸（glycine），賴氨酸（lysine）。卵母細胞在原生質階段含糖原（glycogen），中性粘多糖（neutralmucopolysaccharide）。

肉中含醛縮酶（aldolase）。

過中含抗腫癌糖蛋白（glycoproteins）。

馬糞海膽卵含海洋（卵）微管蛋白（marine egg tubulin）。蛋黃含水溶性脂肪蛋白，β-胡蘿卜素（β-carotene）和海膽烯酮（echinenone）。

細雕刻肋海膽未受精卵含過氧化氫酶（catalase）。

性腺含角鯊烯（sgualene），正十七碳烯（n-heptadecene），正十七烷（n-heptadecane）。

卵含酸性磷酯酶（acid phosphatase）.