毒性較低，主要不良反應(yīng)是用藥過多可致自發(fā)性出血，故每次注射前應(yīng)測(cè)定凝血時(shí)間。如注射后引起嚴(yán)重出血，可靜注硫酸魚精蛋白進(jìn)行急救（lmg硫酸魚精蛋白可中和150U肝素）。

偶可引起過敏反應(yīng)及血小板減少常發(fā)生在用藥初5～9天，故開始治療1個(gè)月內(nèi)應(yīng)定期監(jiān)測(cè)血小板計(jì)數(shù)。偶見一次性脫發(fā)和腹瀉。尚可引起骨質(zhì)疏松和自發(fā)性骨折。肝功能不良者長期使用可引起抗凝血酶-Ⅲ耗竭而血栓形成傾向。