藥物化學的研究任務包括通過藥物分子設計（Molecular drug design）或對具有一定生物活性的化合物分離、鑒定或結構改造，總結構效關系，創(chuàng)制可用于臨床的藥物，發(fā)展新藥；通過研究藥物化學結構與理化性質的關系，闡明藥物的理化性質及化學穩(wěn)定性，為藥物的劑型設計、鑒別方法、雜質檢查、含量測定及貯存保管提供理論基礎醫(yī)學|教育網；通過研究藥物化學結構與生物活性間的關系（構效關系Structure-activity relationships），在分子水平上討論構效關系，能更深入的闡明藥物的作用機理、藥物在體內代謝過程中產生毒副作用的本質，為指導臨床合理用藥提供理論基礎；通過對藥物合成路線的設計和改進，為藥物生產提供先進、合理的方法及工藝。