1.肽單元（peptideunit）參與肽鍵的6個原子——C_α1，C，O，N，H，C_α2位于同一平面，C_α1和C_α2在平面上所處的位置為反式（trans）構型，此同一平面上的6個原子構成肽單元。

　　2.模序（motif）在許多蛋白質(zhì)分子中，兩個或三個具有二級結(jié)構的肽段，在空間上相互接近，形成一個具有特殊功能的空間結(jié)構。一個模序總有其特征性的氨基酸序列，醫(yī)學教育網(wǎng)|收集整理并發(fā)揮特殊的功能，如鋅指結(jié)構，α-螺旋-環(huán)-α-螺旋。

　　3.結(jié)構域（domain）分子量大的蛋白質(zhì)三級結(jié)構?？煞指畛?個和數(shù)個球狀或纖維狀的區(qū)域，折疊得較為緊密，具有獨立的生物學功能，稱為結(jié)構域。如纖連蛋白含有6個結(jié)構域。