（一）細(xì)菌的分類(lèi)單位

　　細(xì)菌的分類(lèi)等級(jí)（分類(lèi)單位）和其他生物相同，為界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。臨床細(xì)菌檢驗(yàn)常用的分類(lèi)單位是科、屬、種。種是細(xì)菌分類(lèi)的基本單位。形態(tài)學(xué)和生理學(xué)性狀相同的細(xì)菌群體構(gòu)成一個(gè)菌種；性狀相近、關(guān)系密切的若干菌種組成屬；相近的屬歸為科，依次類(lèi)推。在兩個(gè)相鄰等級(jí)之間可添加次要的分類(lèi)單位，如亞門(mén)、亞綱、亞屬、亞種等。

　　同一菌種不同來(lái)源的細(xì)菌稱(chēng)該菌的不同菌株。它們的性狀可以完全相同，也可以有某些差異。具有該種細(xì)菌典型特征的菌株稱(chēng)為該菌的標(biāo)準(zhǔn)菌株，在細(xì)菌的分類(lèi)、鑒定和命名時(shí)都以標(biāo)準(zhǔn)菌株為依據(jù)，標(biāo)準(zhǔn)菌株也可作為質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)。

　　（二）細(xì)菌的命名

　　國(guó)際上一個(gè)細(xì)菌種的科學(xué)命名采用拉丁文雙命名法，由兩個(gè)拉丁字組成，前一字為屬名，用名詞，首字母大寫(xiě)；后一字為種名，用形容詞，首字母小寫(xiě)，印刷時(shí)用斜體字。中文譯名則是以種名放在前面，屬名放在后面。例如：Mycobacteriumtuberculosis（結(jié)核分枝桿菌），Salmonellatyphi（傷寒沙門(mén)菌）等。有時(shí)某些常見(jiàn)的細(xì)菌也可用習(xí)慣通用的俗名，如Tuberclebacillus（結(jié)核桿菌）、Typhoidbacillus（傷寒桿菌）等醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　（三）細(xì)菌的分類(lèi)系統(tǒng)

　　細(xì)菌分類(lèi)系統(tǒng)有多種，為了便于文獻(xiàn)資料的相互比較、分析和交流，目前國(guó)際上普遍采用伯杰分類(lèi)系統(tǒng)。也有采用CDC（美國(guó)疾病預(yù)防和控制中心）分類(lèi)系統(tǒng)。包括有細(xì)菌的鑒定以及細(xì)菌分類(lèi)資料。目前以細(xì)菌細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)作最高一級(jí)分類(lèi)依據(jù)，將原核生物界分為4個(gè)菌門(mén)；薄壁菌門(mén)、堅(jiān)壁菌門(mén)、軟壁菌門(mén)和疵壁菌門(mén)。