呼吸是指在生物體中進行氧化作用的化學反應過程中，最終把氫傳遞給分子氧形成水或傳遞給其它氧化型化合物的過程。呼吸可產(chǎn)生較多的能量。如果氫傳遞給分子氧就叫做有氧呼吸，傳遞給其它氧化型化合物，例如硝酸鹽、硫酸鹽、碳酸鹽等，則稱之為無氧呼吸。

　　在原核微生物中，有氧呼吸是在細胞質(zhì)中和細胞膜上進行的，而在真核微生物細胞中，這種過程則是在線粒體基質(zhì)中進行醫(yī)學教`育網(wǎng)搜集整理。

　　進行無氧呼吸的是厭氧微生物和兼性厭氧微生物。根據(jù)接受傳遞來的氫的化合物的不同，可分為硫酸鹽呼吸、硝酸鹽呼吸和碳酸鹽呼吸等。

　　硫酸鹽呼吸又稱硫酸鹽還原作用，具有這種呼吸作用的微生物叫做硫酸鹽還原菌，它們是嚴格厭氧菌。硫酸鹽呼吸是自然界中硫素循環(huán)中一個不可缺少的環(huán)節(jié)，當然，硫酸鹽還原形成的主要產(chǎn)物之一硫化氫，不僅會污染大氣和水環(huán)境，而且還會造成埋藏的金屬管道與建筑構件的腐蝕。

　　硝酸鹽呼吸也稱硝酸鹽還原作用或反硝化作用，具有這種功能的微生物都是兼性厭氧微生物。硝酸鹽還原作用又有同化還原和異化還原之分。同化還原的產(chǎn)物是含氨基的化合物，它們進一步參與細胞中有機氮的合成（例如蛋白質(zhì)的合成）；異化還原的最終產(chǎn)物是氮氣，返回到大氣中。硝酸鹽呼吸是自然界中氮素循環(huán)中的重要環(huán)節(jié)醫(yī)學教`育網(wǎng)搜集整理。

　　碳酸鹽呼吸即碳酸鹽還原作用，是在厭氧條件下進行的，具有這類功能的微生物一類為產(chǎn)甲烷菌，產(chǎn)物為甲烷；另一類為產(chǎn)乙酸菌，產(chǎn)物主要或全部是乙酸。