湖北醫(yī)藥學院于1993年成立研究生工作處。1995年,經湖北省學位委員會批準,湖北醫(yī)藥學院與原湖北醫(yī)科大學(現(xiàn)武漢大學醫(yī)學部)聯(lián)合招收培養(yǎng)碩士研究生,2004年,與華中科技大學同濟醫(yī)學院聯(lián)合招收培養(yǎng)碩士研究生;2008年開始與武漢大學藥學院聯(lián)合培養(yǎng)藥學碩士;2010年始與中南財經政法大學聯(lián)合培養(yǎng)管理學碩士;同年,醫(yī)學|教育網搜集整理與遼寧醫(yī)學院聯(lián)合培養(yǎng)護理學專業(yè)碩士研究生,并在內科學、外科學開始聯(lián)合培養(yǎng)博士生研究生。
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