中藥在凈制過程中去除非藥用部位的主要目的有以下幾個方面：
1. 提高藥物純度和療效 去除根、莖、葉等非藥用部分，可以減少雜質(zhì)，提高藥材的純凈度，使得有效成分更加集中，從而增強藥效。
2. 降低毒性或副作用 某些中藥的部分部位可能含有對人體有害的物質(zhì)，如種子、皮殼等。通過凈制去除這些部位，可以在一定程度上減輕藥物的毒性和副作用，確保用藥安全。
3. 改善外觀品質(zhì) 去除泥土、異物以及枯萎變質(zhì)的部分可以使藥材看起來更加整潔美觀，提高其商品價值。
4. 便于加工和儲存 清理后的藥材體積減小，更利于切片、粉碎等后續(xù)處理步驟；同時也有助于延長保存期限，防止蟲蛀霉變等問題的發(fā)生。