奇穴的應用，主要有兩個方面：一是用于治療所在部位的病變，如氣喘治哮喘、腰眼治腰痛等；其次是治療遠隔部位的疾患，如大小骨空治目疾、二白治痔瘡等。奇穴的作用，同樣是通過經(jīng)絡的傳導，以調整經(jīng)氣的異常變化。奇穴雖然沒有列入十四經(jīng)輸穴系統(tǒng)，但其所在的部位并沒有離開經(jīng)絡分布的領域。