鵝掌楸在自然條件下，種子飽滿率一般不到15%，而種子發(fā)芽率僅在5%以下，造成這種低結(jié)實(shí)率的原因是多方面的。

鵝掌楸為蟲(chóng)媒花植物，但花色單調(diào)，花瓣為綠色，缺乏對(duì)多數(shù)昆蟲(chóng)的招引力，花期又一般多在4－5月份，正值長(zhǎng)江流域多雨季節(jié)，氣溫變化較大，偶遇低溫，妨礙了昆蟲(chóng)正?；顒?dòng)，因而也常影響花粉的傳播和受精，降低了天然的結(jié)實(shí)率。樊汝文、尹增芳、周堅(jiān)等系統(tǒng)觀察了鵝掌楸的花芽分化以及果實(shí)成熟達(dá)到整個(gè)發(fā)育過(guò)程。鵝掌楸屬雌雄同株同花，通常雌蕊早熟于花瓣展開(kāi)之前，而這時(shí)雄蕊尚未成熟，存在自花授粉隔離機(jī)制；花瓣展開(kāi)后，柱頭又很快變褐，可受氣極短，雌雄配子敗育現(xiàn)象普遍存在，且存在花粉管生長(zhǎng)受阻，胚和胚乳發(fā)育不協(xié)調(diào)等現(xiàn)象。故生殖生物學(xué)障礙是導(dǎo)致鵝掌楸結(jié)實(shí)率低而瀕危的主要原因。

除上述由于花部構(gòu)造特化和受精過(guò)程的遺傳障礙而大大地降低天然結(jié)實(shí)率外，現(xiàn)存種群達(dá)到規(guī)模極小，資源配置不合理，長(zhǎng)期異交繁殖在基因庫(kù)中必然積累大量隱性有害基因，居群內(nèi)個(gè)體間近交系數(shù)增大，而發(fā)生自交，遺傳漂變等也影響種群生存能力。又根據(jù)Parkws和Wendel對(duì)來(lái)自安徽、江西鵝掌楸種子同功酶分析，中國(guó)鵝掌楸遺傳多樣性水平低于北美鵝掌楸。這些也在一定程度上影響了自然結(jié)實(shí)率。

再?gòu)纳鷳B(tài)角度分析，賀善安等認(rèn)為原由適生環(huán)境已遭嚴(yán)重破壞，鵝掌楸長(zhǎng)期處于非適宜生境中，也是導(dǎo)致該物種趨向?yàn)l危的原因之一。